В годы Великой Отечественной войны в НИИАТ действовали засекреченные лаборатории. Сотрудники института испытывали шины, проводили расчёты расхода топлива, отрабатывали логистику для фронта и тыла. Целые команды специалистов трудились над оптимизацией автомобильных перевозок, обеспечивая бесперебойное снабжение армии.